Atualmente, verificamos que os recursos hídricos e os serviços essenciais que prestam, quando falamos de impacto no ecossistema, apresentam grande exposição às ações antrópicas. A bacia hidrográfica do Rio São João, pertencente à região hidrográfica VI do Estado do Rio de Janeiro, vem sendo influenciada por esta causa, podendo-se observar determinados efeitos, como a poluição provocada pela degradação da mata ciliar, o lançamento de efluentes sem tratamento, entre outros. O conteúdo deste trabalho está relacionado com os impactos ambientais da região do baixo curso do Rio São João, através da gestão ambiental, pela utilização do índice de análise ambiental simplificado, que relaciona o uso e ocupação dos solos com parâmetros físico-químicos e microbiológicos da água, e determinação da qualidade da água.